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O Tratado de Lisboa, inspirado em larga medida no malogrado Tratado Constitucional, comporta um importante conjunto de inovações substanciais como uma maior proteção de direitos humanos, o reforço de direitos de cidadania, progressos na abertura e na transparência, na economia social de mercado, na segurança externa e defesa, na justiça e criminalidade, na energia, no turismo e, sobretudo, as inovações institucionais que, por natureza, não pararão de repercutir os seus efeitos no caminhar dinâmico da construção europeia.
As inovações institucionais visam permitir à União Europeia dar resposta às exigências de maior democraticidade, de maior abertura e proximidade aos cidadãos, de maior eficácia nas decisões e assegurar um equilíbrio institucional na sua organização "sui generis” que configura na história e no mundo um novo e singular sistema político. Algumas merecem particular destaque:
1 – Conselho Europeu é Instituição
Ao Conselho Europeu é reconhecido o estatuto de instituição. A sua função específica é dar o impulso político necessário ao desenvolvimento da União e definir as orientações e prioridades políticas gerais.
2 – Presidente eleito do Conselho Europeu
Naquela que é considerada por deputados europeus como o espanhol Mendez de Vigo e o britânico Corbett como a mais importante inovação do tratado, é criado o lugar de Presidente permanente do Conselho Europeu, numa função mais de representação que de ação, embora venha a ser a prática a estabelecer os contornos exatos do exercício da função.
3 – Agilização do sistema de Decisão no Conselho
Foi alargada a votação por maioria qualificada, substituindo o método de decisões tomadas por unanimidade, o que contribuirá para acelerar e conferir mais eficiência à ação. O Tratado dispõe que o Conselho delibera por maioria qualificada, exceto quando os tratados dispuserem de outra maneira. A composição da maioria qualificada e a forma de aplicação do sistema são objeto de diversas disposições escalonadas no tempo.
4 – Criação do Alto Representante (Negócios Estrangeiros e Defesa)
A criação do cargo de Alto Representante da União para os Negócios Estrangeiros e a Política de Segurança / Vice-Presidente da Comissão é uma das mais significativas inovações do Tratado de Lisboa. Este Alto Representante conduz a política externa e de segurança comum e nestas matérias representa a União. Conduz o diálogo com terceiros em nome da UE e exprime a posição da União nas organizações internacionais e em conferências internacionais. Preside ao Conselho dos Negócios Estrangeiros. Conta com o também "inovador” Serviço Europeu de Ação Externa, um serviço diplomático e administrativo que assegurará a presença da UE nos mais importantes países terceiros e nas grandes organizações internacionais.
5 – Valorização do Presidente da Comissão Europeia
No que se refere à Comissão Europeia uma mudança importante vai no sentido do reforço do seu peso político, ao estabelecer uma relação direta entre os resultados das eleições para o Parlamento Europeu e a escolha do candidato à presidência da Comissão Europeia. O cargo de Presidente da Comissão foi assim substancialmente reforçado em termos de legitimidade democrática. Outro elemento novo de reforço dos seus poderes é que o Presidente da Comissão pode doravante obrigar um membro da Comissão a apresentar a demissão de funções.
6 – Reforço do Parlamento Europeu
O Tratado trouxe mais poderes ao Parlamento Europeu em matéria legislativa, orçamental, de controlo político e de acordos internacionais. A extensão a novos domínios do campo de aplicação da codecisão, agora processo legislativo ordinário, e o reforço de participação do Parlamento nos processos legislativos especiais, reforçou de forma significativa o poder legislativo do Parlamento Europeu. Também os seus poderes orçamentais aumentam por força da aprovação do quadro financeiro plurianual e pela aplicação do processo legislativo ordinário para fixar as despesas. Em matéria de acordos internacionais a aprovação do Parlamento é necessária sobre todos os previstos no artigo 218.º n.º 6 al. a) TFUE, como sejam os acordos de associação, os que impliquem consequências orçamentais significativas para a UE ou os que abranjam domínios em que seja aplicável o processo legislativo ordinário ou o processo legislativo especial, quando a aprovação do Parlamento é obrigatória. Nos restantes casos de celebração de acordos internacionais, o Parlamento dá parecer, pois é exigida a sua consulta. O Tratado confere ao Parlamento Europeu direito de iniciativa na revisão dos Tratados.
7 – Envolvimento dos Parlamentos Nacionais
Garante-se o envolvimento dos Parlamentos Nacionais na participação no processo político europeu e o seu contributo para o bom funcionamento da União através da criação do sistema inovador do controlo do Princípio da Subsidiariedade e de uma regulamentação mais exigente do Direito à Informação (os Parlamentos nacionais passarão a receber, ao mesmo tempo que o Parlamento Europeu e o Conselho, todos os projetos de atos legislativos bem como o Programa Legislativo anual e qualquer outro instrumento de Programação Legislativa ou de estratégia política e ainda todos os documentos de consulta da Comissão – Livros Verdes, Livros Brancos e Comunicações).
8 – Reforço da Cidadania Europeia
A Iniciativa de Cidadania Europeia ou iniciativa dos cidadãos introduz no quadro europeu uma forma participativa inspirada da democracia direta, de que se espera uma aproximação dos cidadãos ao âmago da vida política europeia. Suscitando cautelas dos que desconfiam da temida deriva populista e prefeririam a preservação das formas ortodoxas de democracia representativa, esta iniciativa está a ser acolhida por outros com grande expectativa, pela promessa que implica de aproximação dos cidadãos às instituições e à vida política europeias abrindo uma via de expressão fácil, consequente, desburocratizada e consonante com os novos meios de comunicação.
9 – Valorização da Carta dos Direitos Fundamentais da UE
A Carta dos Direitos Fundamentais da UE existe desde 7 de dezembro de 2000 mas tinha apenas um valor proclamatório. Constituía um importante documento com os valores fundamentais da União mas sem força vinculativa.
A sua integração no Tratado de Lisboa atribui-lhe valor jurídico e passa a fazer parte integrante do direito primário da União
10 – UE passa a ter Personalidade Jurídica
A atribuição explícita de Personalidade Jurídica à União (antigamente apenas reconhecida às Comunidades do Primeiro Pilar) proporciona-lhe outra liberdade de ação a nível internacional e torna possível que a União, enquanto tal, subscreva a Convenção Europeia dos Direitos Humanos.
11 – Direito de Saída
O Tratado de Lisboa prevê expressamente e regulamenta o processo a seguir no caso em que um Estado-Membro decide abandonar a União.
Embora essa possibilidade sempre tenha existido uma vez que os Estados são soberanos, a sua consagração explícita elimina um dos argumentos dos eurocéticos que afirmavam que a entrada na UE se traduzia num compromisso irreversível.
O Parlamento Europeu dedicou dois relatórios, de leitura obrigatória, à apreciação das inovações do Tratado de Lisboa: em 2007, o relatório Mendez de Vigo – Corbett sobre o Tratado de Lisboa e em 2009, o relatório Dehaene sobre o impacto do Tratado de Lisboa no desenvolvimento do equilíbrio institucional da União Europeia.