Tendo por base as disposições comuns para os FEEI estabelecidas pelo Regulamento (UE) n. 1303/2013, os Estados-Membros devem elaborar e executar planos estratégicos com prioridades de investimento identificadas para o seu território nacional, abrangendo os cinco FEEI.
Estes Planos são chamados de "Acordos de Parceria” e são negociados entre a Comissão Europeia e as autoridades nacionais, após consulta dos vários níveis de governação a nível local e regional, dos representantes de grupos de interesse e de outras partes interessadas.
O ponto de partida para os Acordos de Parceria foram os documentos de orientação (position papers) elaborados pelos serviços da Comissão em 2012 destinados a cada Estado-Membro (no caso de Portugal, este position paper foi publicado em 6 de novembro de 2012 e intitulava-se "Posição dos serviços da Comissão sobre a evolução do Acordo de Parceria e os Programas em Portugal para o Período de 2014-2020”).
Estes position papers definiram o modo como, de acordo com a Comissão, os investimentos da UE poderão contribuir para os objetivos da "Estratégia Europa 2020” para um crescimento sustentável e inclusivo, identificando as principais vantagens de um investimento bem direcionado, bem como os sectores de crescimento mais importantes nas diferentes Regiões e Estados-Membros.
O Acordo de Parceria entre Portugal e a Comissão Europeia 2014-2020, denomina-se "Portugal 2020” e abrange os Fundos da Política de Coesão (FEDER, FSE e FdC) juntamente com os Fundos Europeu Agrícola de Desenvolvimento Rural (FEADER) e o Fundo Europeu para os Assuntos Marítimos e as Pescas (FEAMP). Estes 5 Fundos (FEEI) disponibilizam a Portugal cerca de 26 mil milhões de Euros entre os anos 2014 a 2020 (sensivelmente 10,1 milhões euros por dia).